Kansrekening & Statistiek 2
voor MNW 2009-2010
Inhoud van de
cursus
In dit
vak staat als thema centraal statistische
modellen voor levenswetenschappen. We behandelen een aantal modellen voor
variabelen: meervoudige lineaire regressie, variantie-analyse
en analyse van categorische data. Daarnaast behandelen we modellen voor
processen: stochastische processen, Markov-ketens, Hidden Markov-modellen,
evolutionaire modellen en fylogenetische bomen. Tijdens de cursus worden veel
levenswetenschappelijke toepassingen van al deze modellen behandeld of
aangereikt.
Aantal
studiepunten: 6
Voorkennis
Als voorkennis zijn vereist de vakken Kansrekening & Statistiek voor MNW 1a
en 1b.
Bijeenkomsten
(NB: zie indeling najaar 2009 voor de data
bij de weken)
|
hoorcollege |
week 44 – 48 |
maandag |
09.00 – 10.45 |
W. van Wieringen |
F637 |
|
|
week 44 – 50 |
woensdag |
13.30 – 15.15 |
W. van Wieringen |
tba |
|
presentaties eindopdrachten |
dinsdag 15 december |
12.00 – 14.45 |
|
|
|
Docent
Docent: Wessel van
Wieringen, kamer S262, wvanwie@few.vu.nl
Materiaal
Bij dit college gebruiken we twee boeken.
- Biostatistics
van Ronald N. Forthofer, Eun
Sul Lee en Michael Hernandez
- Statistical Methods in Bioinformatics van Warren J. Ewens
en Gregory R. Grant
Het eerste boek is grotendeels al behandeld in KS1a en KS1b, en uit dit boek
worden alleen de laatste hoofdstukken (12 t/m 14) behandeld. Daarnaast is het
voor de opgaven handig om de Handleiding R van A.W. van der Vaart en
M.A. Jonker bij de hand te hebben (hier te downloaden).
Werkwijze
Op de colleges worden de verschillende statistische modellen behandeld. In de
eerste vier weken worden modellen voor variabelen (zie boek van Rice) en modellen voor processen (zie boek van Ewens en Grant) simultaan
behandeld. In de laatste drie weken behandelen we alleen nog modellen voor
processen. In beide boeken staan veel voorbeelden, die als leeshuiswerk worden
opgegeven. Ook op het college zullen een aantal van de voorbeelden worden
behandeld. Naast het leeshuiswerk worden er opgaven opgegeven, die deels in R,
deels met pen en papier gemaakt moeten worden. Het vak wordt afgesloten met een
eindopdracht.
Opgaven
Er is wekelijks leeshuiswerk (zelfstudie). Daarnaast worden er opgaven
opgegeven die in R danwel met pen en papier gemaakt
kunnen worden. Alle opgaven dienen te worden ingeleverd, en worden beoordeeld.
Eindopdrachten
Als eindopdracht krijgen de studenten in groepjes van 2 een echt wetenschappelijk
artikel dat recent is gepubliceerd over een levenswetenschappelijk onderwerp,
waarin een of meer van de behandelde statistische modellen worden toegepast. De
opdracht bestaat uit het lezen van dit artikel en het beantwoorden van een
aantal vragen over het artikel in een verslag. Daarnaast geven alle groepjes
een korte presentatie (ca. 20 min) over het artikel dat ze bestudeerd hebben,
waarin zij het onderwerp van het artikel presenteren en de antwoorden op (een
aantal van ) de vragen verwerken. De studenten uit de andere groepjes krijgen
vervolgens de gelegenheid om vragen te stellen naar aanleiding van de
presentatie. De presentaties zijn op donderdag 15 december. De
verslagen moeten op diezelfde dag worden ingeleverd.
Toetsing
Er is geen tentamen. De toetsing bestaat uit de ingeleverde huiswerkopgaven en
de eindopdracht (verslag en presentatie).
Het eindcijfer wordt bepaald uit het gemiddelde huiswerkcijfer (1/2) en het
cijfer voor de eindopdracht (1/2) (beide cijfers moeten voldoende zijn).
Overzicht
behandelde stof en huiswerk (leeshuiswerk is altijd voor het volgende college
over hetzelfde boek)
De overzichtssheet is hier
te vinden. Extra aanwijzingen voor de opgaven in R zijn hier te vinden.
|
datum |
stof college |
leeshuiswerk |
huiswerk sommen |
inleverdatum sommen |
|
26.10.08 |
FL&H: §13.3 – §13.4 |
FL&H: §13.1 – §13.4 |
FL&H part 1. |
02-11-2009. |
|
28.10.08 |
stencil
Cox & Miller: Hfd. 1 |
E&G part 1. |
04-11-2009. |
|
|
02.11.08 |
FL&H: §13.4, §9.5 |
FL&H: §13.4, §9.5 |
09-11-2009 |
|
|
04.11.08 |
E&G: §4.6 – § 4.10 |
E&G: §4.7 – § 4.10, §5.2,
§5.3, §6.5 |
E&G: part 2 |
11-11-2009 |
|
09.11.08 |
FL&H: §12.4 – §12.7 |
FL&H: §12.4 – §12.7 |
16-11-2009 |
|
|
11.11.08 |
E&G: §11.1 – §11.3, |
E&G: §11.1 – §11.3, App. B.19 |
E&G part 3 |
18-11-2009 |
|
16.11.08 |
FL&H: §10.1 – §10.3 |
FL&H: §10.1 – §10.3, niet
§10.2.5, §10.3.2 |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
18.11.08 |
E&G: §11.5, §12.1 |
E&G: §11.5 – §11.7, §12.1 |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
23.11.08 |
E&G: §12.2 – §12.3, §3.8.1 |
E&G: §12.2 – §12.3.2,
§3.8.1, §3.11, |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
30.11.08 |
E&G: §13.1 – §13.3 |
E&G: §13.2 ,§13.3.1,
§13.3.2, |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
02.12.08 |
E&G: §14.1 – §14.2 |
E&G: §14.1 – §14.3.1 muv §14.2.8 |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
09.12.08 |
E&G: §15.1 – §15.3, |
E&G: §15.1 – §15.3, §15.5 –
§15.9 |
t.b.a. |
t.b.a. |
|
|
|
|
|
|
|
15.12.08 |
TENTAMEN |
--- |
--- |
--- |
NB: Leeshuiswerk betekent zelfstudie. Bestudeer
deze paragrafen goed, en stel op het volgende college vragen als je iets niet
hebt begrepen. Dit is een compact vak, en we kunnen op college niet alle
details behandelen, dus er is veel zelfstudie vereist.